Вооруженное детективное агентство
Глава: Фукудзава Юкичи
Большинство работников детективного агентства, за исключением клерков, - эсперы. Агентство занимается раскрытием особо запутанных, часто жестоких преступлений. В их компетенции как убийства, так и различные иные, серьезные правонарушения. Сбор информации, проведение расследования, обезвреживание преступников - все это осуществляется агентами Фукудзавы. На мелочи не размениваются, часто оказываются бесценной третьей стороной, когда не справляется полиция.
Агентство было создано Юкичи после его знакомства с Эдогавой Ранпо, для того, чтобы нести в массы свет справедливости, оберегать закон и порядок, а также самого Ранпо. Имеет официальное разрешение (лицензию) от правительства вести предпринимательскую деятельность, связанную с использованием способностей эсперов.
Каждый сотрудник при поступлении  в Агентство обязан пройти квалификационный экзамен, разработанный для него остальными агентами.
Офис расположен в старом, но вполне прочном кирпичном здании, на первом этаже которого - уютное кафе, где часто можно застать работников ВДА. Последнее занимает четвертый этаж здания. Всего этажей пять. Снизу вверх: кафе, фирма юридических услуг, третий этаж свободен, ВДА, склад.

Портовая Мафия
Глава: Мори Огай
Подпольная и вместе с тем - признанная организация, отражение и суть темной стороны города, ее воплощение. Мафия, словно спрут, опутала своими щупальцами все сферы городской жизни, от откровенно криминальных до малого бизнеса.
Несмотря на криминальную структуру, Портовая Мафия является также олицетворением порядка на темной стороне, если можно так выразиться. Около восьми лет назад, когда предыдущий босс окончательно потерял рассудок, организация была на грани полного краха. Группировки враждовали между собой, бесконечные распри приводили к тому, что на Мафию вешались все мыслимые и немыслимые грехи. Однако затем доктор Мори устранил своего босса и стал боссом сам. С тех пор дела Мафии пошли на лад, она полностью восстановила влияние и упрочила свое положение. В рядах мафиози - влиятельные политики и бизнесмены, она объединяет сотни  самых разных людей,  десятки предприятий, являясь в итоге мощной контролирующей силой.
Глава мафии - Босс. На ступени ниже стоит Исполнительный комитет, пятеро негласных лидеров организации.  Силовики Мафии - отряд элитных бойцов, Черные Ящерицы.

Гильдия
Экс-глава: Фрэнсис Фицджеральд
Глава реорганизованной Гильдии: Джон Стейнбек
Организация, объединяющая эсперов Северной Америки. Большинство ее членов - богатые, влиятельные люди, занимающие высокое или просто значимое положение в обществе. Авторитет Гильдии распространяется за пределы США, ее представители преуспели во многих государствах в различных сферах деятельности. На дипломатическом уровне члены Гильдии могут проникнуть куда угодно, что помогает ограждать их и их подручных от законов иностранных государств и претензий со стороны их судебных органов. На представителей чужого правительства нередко оказывается сильнейшее давление, и мало кто способен выдержать подобное.
После Трехстороннего конфликта Гильдия, фактически, распалась надвое. Фицджеральд исчез. Луиза Олкотт, стратег, отправилась его разыскивать. Реорганизовать и изменить Гильдию собирается Джон Стейнбек, бывший её силовик. Несмотря на разорение и исчезновение Фрэнсиса, организация все еще является сборищем толстосумов, поэтому неизвестно, насколько серьезно Гильдия признает нового лидера.  Кроме того, каждый тянет одеяло на себя - богачи пытаются разбогатеть еще больше, деля капиталы организации.

Крысы мертвого дома
Глава: Федор Достоевский
Террористическая и в высшей мере подпольная организация, возглавляемая Демоном с Севера Достоевским. Объединяет безумцев и анархистов по доброй воле и затягивает в свои тенета даже тех, кто не слишком хочет с ней связываться. Её лидер - прекрасный психолог с непонятной, но мощной способностью и склонностью к манипуляциям.
Буквально на днях Крысы прибыли в Йокогаму с целью, сходной с Гильдией: в поисках Заветной Книги. Однако, в отличие от Гильдии, ими двигает сугубо энтузиазм, лишенный финансовой подушки, поэтому запросто взять и испепелить Йокогаму не получится. Крысы намерены использовать менее очевидные методы для достижения своей цели.
Безусловно, в продуманности стратегии Крысам мертвого дома не откажешь. На данный момент в планах террористов столкнуть лбами две движущих силы Йокогамы: ВДА и Портовую Мафию, еще не до конца оправившиеся от Войны Трех Сторон. Удастся ли им это, покажет время. Вероятно, самое ближайшее.